Identyfikacja mikroorganizmów do poziomu gatunku jest kluczowym zadaniem mikrobiologii. Tradycyjnie osiągano to poprzez przeprowadzanie praco i czasochłonnych testów biochemicznych. Współczesne metody molekularne, jak sekwencjonowanie, mogą dostarczać bardzo precyzyjnych informacji, jednak są one zbyt wolne i stanowczo za drogie żeby mogły być powszechnie wykorzystywane. Dlatego idealnym rozwiązaniem jest metoda identyfikacji z wykorzystaniem spektrometrii mas, która umożliwia szybszą i wydajniejszą analizę niż konwencjonalne testy lub zaawansowane metody molekularne. Co więcej, metoda ta jest stosunkowo tania.
Spektrometria mas
Wykorzystanie spektrometrii mas w analizie „białkowego odcisku palca” to rewolucyjne podejście do analizy mikroorganizmów. Ta koncepcja stała się wiodącym rozwiązaniem dla mikrobiologii klinicznej, a także w badaniach wody, farmaceutyków i żywności.
MALDI TOF Biotyper® (MBT), który w swoich zasobach posiada Jagiellońskie Centrum Innowacji to system identyfikacji drobnoustrojów oparty na spektrometrii mas MALDI-TOF, umożliwiający obiektywną identyfikację mikroorganizmów w ciągu kilku minut aż do poziomu gatunku. MBT to łatwa, szybka, solidna, ekonomiczna i wydajna technologia identyfikacji, dlatego obecnie jest tak bardzo doceniana przez specjalistów.
Technika ta umożliwia identyfikacje bakterii Gram-dodatnich, Gram-ujemnych, pleśni, drożdżaków a także grzybów strzępkowych. W trakcie wykonywania analizy MALDI-TOF MS określa unikalny proteomiczny odcisk palca mikroorganizmu i dopasowuje charakterystyczne wzory z obszerną biblioteką referencyjną, aby określić przynależność gatunkową badanego drobnoustroju. Ciągłe rozszerzanie biblioteki referencyjnej zapewnia łatwą identyfikację szerokiej gamy mikroorganizmów.
Aktualizacja bazy widm
Baza, którą dysponuje Jagiellońskie Centrum Innowacji, została zaktualizowana przez producenta analizatora, firmę Bruker. W związku z czym nasza obecna baza mikroorganizmów powiększyła się do ok. 5000 gatunków, które mogą zostać zidentyfikowane z jej wykorzystaniem. W nowej bazie znajdziemy aktualizacje obejmujące dodanie między innymi:
- nowych gatunków klinicznych (m.in. Enterobacter roggenkampii, Pandoraea sp.)
- nowych gatunków weterynaryjnych (np. Bartonella sp.)
- nowych gatunków środowiskowych (m.in. Cohnella sp., Legionella sp.)
Rozszerzona została także baza dla gatunków z rodzaju Clostridium oraz poprawiono dokładność gatunkową w obrębie kompleksu Enterobacter cloacae.
Nowa taksonomia mikroorganizmów
Co więcej, należy podkreślić, że nasza biblioteka zawiera obecnie najbardziej aktualną klasyfikację mikroorganizmów wraz z ich nowymi nazwami i wszystkimi synonimami. Warto wiedzieć, że rozwój metod molekularnych, w tym sekwencjonowania całogenomowego i ich zastosowanie w badaniach porównawczych mikroorganizmów, pokazało, że drobnoustroje przynależące do tej pory do jednego rodzaju, różnią się od siebie tak bardzo pod względem genetycznym, że konieczna była zmiana ich nomenklatury.